Igreja de Nossa Senhora da Conceição de Paraty Mirim
Esta igreja está construída junto à Praia do Paraty Mirim, sede do Segundo Distrito do Município, cerca de 15 km da cidade e foi edificada por Antônio da Silva, por provisão de 23 de fevereiro de 1720 e renovada com paredes de pedra e cal pelo Coronel Jorge Pedroso de Souza. Foi benta em 8 de dezembro de 1746.
Igreja de Nossa Senhora do Rosário e São Benedito
Hoje é conhecida simplesmente como Igreja do Rosário e sua construção iniciou-se em 1725, por pedido de Manuel Ferreira dos Santos e seu irmão Pedro.
Igreja de Nossa Senhora das Dores (Capelinha)
Hoje chamada de Capela das Dores ou Capelinha, foi construída em 1800 pelo Pe. Antonio Xavier da Silva Braga e algumas devotas. Foi a capela da moda no tempo do império, por ser a mais nova. Em 1901 foi quase totalmente reformada pelo Pe. João César Iera. A irmandade de Nossa Senhora das Dores foi criada no mesmo ano por provisão do Bispo de Petrópolis e só permitia a admissão de mulheres. Todas as Irmandades de Paraty foram extintas na década de 1960.
Edificada em 1722 pelos pardos libertos sob a invocação de Menino Deus, Santa Rita e Santa Quitéria. Alguns anos depois foi reparada e reedificada com aumento por devotos brancos que passaram a utilizá-la como matriz durante a construção daquele novo templo. É a igreja mais antiga da cidade em virtude da demolição das capelas de São Roque a da antiga matriz.
Por ocasião da fundação do povoado ergueu-se uma pequena capela dedicada São Roque sobre o atual morro do Forte, onde então se encontravam construídas as primeiras moradias. Porém, em 1646, Dona Maria Jácome de Melo doou a área situada entre os rios Perequê-Açu e Patitiba para a construção do novo povoado exigindo que nele se construísse um capela dedicada a Nossa Senhora dos Remédios, santa de sua devoção, e que não se molestassem os índios que ali viviam.
